在威廉二世统治期间，托马斯再次卷入与坎特伯雷的首要地位之争，当时他拒绝祝圣坎特伯雷的新大主教安瑟伦，如果安瑟伦在祝圣服务中被任命为英国的大主教。

基督教会作为封建王权统治的政治基础和精神支柱，任何一位国王或君主也不会放任其自行发展，威廉一世作为一位开明强势的君主，一开始就将改组英国教会作为立国之本，进而加强对教会的控制。